O jogo se passa no aniversário da Princesa Peach,mas quando Mario e Luigi chegam,todos os filhos de bowser saem de dentro do bolo!!!levando a Princesa Peach.Para salvá-la,Mario e Luigi, acompanhados de dois toads,saem em busca da Princesa Peach com a ajuda de dois itens novos:o pinguim que deixa Mario soltar bolas de neve nos inimigos,a Flor de gelo,que também deixa Mario soltar bolas de neve nos inimigos e o Mushroom hélice, que deixa Mario poder girar no ar com força no ar.
No final você tem que deter Bowser depois de ser enfeitiçado pela Magikoopa e virar gigante, jogando ele na lava com o Mushroom hélice.